Breaking Bad handelt von dem unscheinbaren Highschool-Chemielehrer Walter White aus Albuquerque im US-Bundesstaat New Mexico, der nur mit Mühe seine schwangere Frau Skyler und seinen körperlich behinderten Sohn Walter Junior versorgen kann. Als bei ihm eine Lungenkrebserkrankung festgestellt wird, beginnt Walter, mit Hilfe seines ehemaligen Schülers Jesse Pinkman das Rauschmittel Meth herzustellen, damit die Familie nach seinem Tod finanziell abgesichert ist. Damit begibt sich Walter in die gefährliche Welt von Drogengeschäften und organisierter Kriminalität, was eine Fülle von Problemen nach sich zieht. Die Situation verkompliziert sich dadurch, dass Hank, der Ehemann von Skylers Schwester Marie, als Ermittler für die Drogenbekämpfungsbehörde DEA arbeitet.
Staffel 1
Kurz nach seinem 50. Geburtstag kollabiert Walter in der Autowaschanlage, in der er nebenberuflich tätig ist, weil sein Gehalt als Chemielehrer nicht ausreicht. Im Krankenhaus erhält er eine erschütternde Diagnose: Er leidet an Lungenkrebs und die Heilungschancen sind gering. Walter wirft aus diesem Grund seinen Nebenjob hin, verheimlicht seinen Zustand aber vorläufig vor seiner Familie.
Durch seinen Schwager Hank hat Walter erfahren, dass viel Geld mit Herstellung und Verkauf von synthetischen Drogen umgesetzt wird. Er begleitet Hank zu einem DEA-Einsatz, bei dem ein Drogenlabor ausgehoben und ein Kleindealer namens Emilio festgenommen wird. Walter, der im Auto zurückgeblieben ist, beobachtet, wie ein junger Mann entkommt. Er erkennt in ihm seinen ehemaligen Schüler Jesse Pinkman und errät, dass es sich bei ihm um Emilios Partner „Captain Cook“ handeln muss, den Hank erwähnt hatte. Noch am selben Abend sucht Walter Jesse auf und bietet an, sein neuer Partner zu werden. Als Chemiker besitze er die nötigen Kenntnisse, um Meth herzustellen. Als Walter droht, ihn andernfalls bei der DEA anzuschwärzen, willigt Jesse widerwillig ein. Er fragt Walter nach seinen Motiven, erhält aber keine Antwort.
Walter stiehlt aus dem Labor seiner Schule einige Behälter und Geräte, die er zur Herstellung der Drogen benötigt. Er setzt seine gesamten Spareinlagen zur Anschaffung eines Wohnmobils ein, in dem er und Jesse an abgelegenen Plätzen in der Wüste Drogen „kochen“. Nachdem er von Walters Drängen auf einen ordentlichen Produktionsablauf anfänglich genervt ist, zeigt Jesse sich von der Qualität des Meth doch beeindruckt. Er bringt eine Probe davon zum Haus des Dealers (und DEA-Spitzels) Krazy-8, wo er zu seiner Überraschung auch dessen wieder auf freien Fuß gesetzten Cousin Emilio vorfindet.
Da sie ahnen, dass Jesse nicht selbstständig solch hochwertiges Meth hätte herstellen können, zwingen Emilio und Krazy-8 diesen, sie zum Wohnmobil zu führen. Dort ist Walter damit beschäftigt, erneut Meth herzustellen. Krazy-8 will Walter anwerben, aber Emilio erkennt ihn vom DEA-Einsatz wieder und glaubt, in eine Falle gelockt worden zu sein. Die beiden fesseln Jesse und nötigen Walter, den Meth-Herstellungsprozess vorzuführen. Dabei ruft Walter absichtlich eine chemische Reaktion hervor, bei der das hochgiftige Phosphingas entsteht. Es gelingt ihm, aus dem Wohnmobil zu entkommen und Emilio und Krazy-8 am Verlassen desselben zu hindern, bis sich beide aufgrund von Vergiftungserscheinungen nicht mehr rühren.
Walter und Jesse beraten, wie sie die Leichen im Wohnmobil loswerden können, stellen aber zu ihrer Verblüffung fest, dass Krazy-8 noch lebt. Sie sperren ihn im Keller von Jesses Haus ein. Per Münzwurf wird entschieden, dass Walter Krazy-8 töten soll, während Jesse sich um die Beseitigung von Emilios Leiche zu kümmern hat. Jesse löst die Leiche mit von Walter beschaffter Flusssäure auf, tut dies aber entgegen Walters Anweisungen nicht in einem Plastikbehälter, sondern in seiner Badewanne. Die aggressive Säure frisst sich durch den Wannenboden, was schließlich zum teilweisen Einsturz der Decke im ersten Stock führt. Walter seinerseits hat Skrupel, Krazy-8 umzubringen. Er will ihn schließlich freilassen, erkennt dann aber, dass Krazy-8 die Scherbe eines zerbrochenen Tellers als Waffe versteckt hält. Einem Angriff zuvorkommend, erwürgt Walter Krazy-8. Von den Erfahrungen der letzten Tage traumatisiert, bricht er den Kontakt zu Jesse ab.
Hank und sein Partner untersuchen in der Wüste den verlassenen Wagen von Emilio und Krazy-8. Sie mutmaßen, dass ihr Spitzel enttarnt und beseitigt worden ist. Nachdem Hank im Wagen das reine Meth vorfindet, schlussfolgert er, dass sich in Albuquerque neue, professionelle Drogenhersteller niedergelassen haben müssen, denen er den Kampf ansagt.
Walters Geheimniskrämerei führt zu Spannungen in seiner Ehe. Als Skyler einen mysteriösen Anruf, den Walter erhalten hatte, zu Jesse zurückverfolgt, behauptet ihr Mann, sein ehemaliger Schüler versorge ihn mit Marihuana. Dann findet Skyler heraus, dass Walter seine Nebentätigkeit aufgegeben hat, obwohl er sie weiterhin als Entschuldigung für seine Abwesenheit von zu Hause anführt. Walter weiß keinen anderen Ausweg, als ihr die Wahrheit über seine Krankheit mitzuteilen und selbige als Ursache für sein seltsames Verhalten hinzustellen.
Marie macht einen der besten Onkologen der USA ausfindig, um Walters Überlebenschancen auszuloten. Doch Walter ist von den Kosten der notwendigen Chemo- und Strahlentherapie abgeschreckt, die bei über 90.000 Dollar liegen. Bei einer Party in dessen luxuriösem Haus bietet ihm sein alter Freund und ehemaliger Kollege Elliott Schwartz eine Anstellung in seinem erfolgreichen Pharmaunternehmen an und verweist dabei insbesondere auf die damit verbundene Krankenversicherung. Aus Stolz lehnt Walter, der sich von Skyler hintergangen fühlt, das Angebot ab. Erst nachdem er von der gesamten Familie zu einer Aussprache genötigt wird, willigt Walter in die Therapie ein. Er täuscht Skyler vor, die Offerte Elliotts akzeptiert zu haben, privat für die Behandlung zu bezahlen.
Jesse bekämpft Angstzustände nach dem Tod von Emilio und Krazy-8 mit Meth, was seine Paranoia noch verstärkt. Eine Zeitlang kommt er im Haus seiner gutsituierten Eltern unter, wird aber von ihnen hinausgeschmissen, als sie einen Joint finden, der in Wahrheit Jesses jüngerem Bruder gehört, einem vermeintlichen Musterknaben. Nach erfolgloser Jobsuche möchte Jesse mit seinem Freund Badger im Wohnmobil Meth herstellen, kann jedoch nicht die gewünschte Qualität erzielen. Anschließend kommt er wieder mit Walter ins Geschäft, der durch das Meth das Geld für seine Therapie aufbringen will, ein Zusammenhang, der auch Jesse nicht lange verborgen bleibt. Die beiden vereinbaren, dass Walter die Drogen herstellen und Jesse sich um den Vertrieb kümmern soll.
Durch eine Gasmaske, die Walter in der Wüste weggeworfen hatte, entdeckt Hank bei seinen Ermittlungen eine Verbindung zur Schule seines Schwagers. Zusammen mit Walter inspiziert er den Lagerraum des Labors, wo er anhand von Bestandslisten feststellt, dass Material fehlt. Der Diebstahl wird jedoch einem vorbestraften Hausmeister angelastet.
Da Walter mit dem Umsatz des Meth unzufrieden ist, drängt er den zögernden Jesse, Kontakt mit dem Drogenhändler Tuco aufzunehmen, der inzwischen den Platz von Krazy-8 eingenommen hat. Jesse bietet Tuco Meth zum Kauf an. Auch Tuco ist von der Qualität der Drogen beeindruckt, weigert sich aber, die von Jesse verlangten 35.000 Dollar sofort zu bezahlen. Als Jesse protestiert, schlägt Tuco ihn krankenhausreif.
Walter leidet unter den Nebenwirkungen seiner Krebstherapie. Nachdem er Haarausfall bekommt, rasiert er sich eine Glatze. Er sucht Tuco auf, stellt sich dem unberechenbar agierenden Drogenhändler als „Heisenberg“ vor und fordert von ihm das Geld für das bereits gelieferte Meth sowie zusätzlich 15.000 Dollar als Entschädigung für Jesse. Tuco macht sich über Walter lustig, weil sich dieser unbewaffnet in sein Hauptquartier begebe, aus schlechter Position Forderungen stelle und sogar noch eine neue Lieferung Meth mitgebracht habe. Daraufhin wirft Walter eine Probe der Substanz zu Boden und führt dadurch eine Explosion herbei, die das Haus erschüttert. Es handelt sich um Knallquecksilber und Walter droht, den ganzen Beutel zu verwenden. Tuco gibt sich geschlagen, überreicht Walter das Geld und bekundet seine Bewunderung für dessen Mut. Außerdem verrät Tuco, dass sich Walters Meth sehr gut verkauft habe und er daher weiterhin mit ihm im Geschäft bleiben möchte.
Bei einem Treffen auf einem Schrottplatz lässt Walter sich für vier Pfund Meth im Voraus bezahlen, hat anschließend aber Probleme, die Lieferung einzuhalten, da das für die Herstellung notwendige Pseudoephedrin aufgebraucht ist. Daraufhin brechen er und Jesse in ein Chemielabor ein und stehlen ein ganzes Fass Methylamin. Bei einem erneuten Treffen auf dem Schrottplatz nimmt Tuco zufrieden die Lieferung entgegen. Aus nichtigem Anlass schlägt er anschließend im Meth-Rausch einen seiner Handlanger zu Tode.
Staffel 2
Gonzo wird beim Versuch, die Leiche des Handlangers auf dem Schrottplatz zu verstecken, von herabfallenden Autowrackteilen eingeklemmt, woraufhin er verblutet. Walter bekommt von seinem Schwager Hank am nächsten Tag per MMS ein Foto zugeschickt, auf dem nicht nur der totgeschlagene Handlanger, sondern auch der tote Gonzo zu sehen ist. Dies verleitet Walter angesichts der auf dem Foto nicht zum Ausdruck kommenden Todesumstände, zu der falschen Annahme, Tuco habe Gonzo als Zeugen des Totschlags ebenfalls getötet. Aus Angst, die nächsten Opfer von Tuco zu werden, erwägen Walter und Jesse, diesem zuvorzukommen und ihn zu töten.
Walter und Jesse werden jedoch von Tuco, der sich währenddessen auf der Flucht vor der DEA befindet, entführt und zu einem Versteck bei seinem Onkel verschleppt. Walters Familie setzt daraufhin alles daran, den vermissten Walter wiederzufinden. Tuco beabsichtigt mit Walter und Jesse die Drogenherstellung in Mexico fortzusetzen. Daraufhin unternehmen Walter und Jesse erfolglose Versuche, Tuco mit Rizin zu vergiften. Tucos Onkel, der krankheitsbedingt nicht mehr sprechen kann und auf einen Rollstuhl angewiesen ist, macht jedoch Tuco mit einem Klingelzeichen deutlich, dass Walter und Jesse eine Bedrohung darstellen. Daraufhin kommt es zu einem Handgemenge, bei dem unerwartet Hank auftaucht, der Jesses Auto orten lassen hat. Während Tuco bei einer anschließenden Schießerei mit Hank getötet wird, können Walter und Jesse unbemerkt in die Wüste flüchten. Walter schmiedet einen Plan, um sein plötzliches Verschwinden seiner besorgten Familie zu erklären und läuft nackt in einem Supermarkt umher. Er wird daraufhin in ein Krankenhaus eingeliefert, wo er einen Gedächtnisschwund vortäuscht.
Jesse lässt sich währenddessen in einem Motel von der DEA verhaften. In einem Verhör gibt er an, das gesamte Wochenende mit der Prostituierten Wendy verbracht zu haben und nichts von Tuco oder dem Geld, das in seinem Auto gefunden wurde, zu wissen. Hank glaubt Jesse nicht, muss ihn jedoch laufen lassen, nachdem selbst Tucos Onkel Don Salamanca offensichtlich nicht mit der DEA kooperieren möchte.
Jesse wird bei einem Treffen mit seinen über das Drogenlabor im Keller informierten Eltern und deren Anwalt gezwungen, das von ihm bewohnte Haus seiner Tante zu räumen. Nachdem Jesse einige Tage obdachlos war, zieht er in eine neue Wohnung ein und kommt dort seiner Nachbarin Jane Margolis näher.
Walter, der sich mittlerweile in der Drogenszene unter seinem Pseudonym Heisenberg ausgibt, hat sich aufgrund der hohen Qualität des blauen Meths einen guten Ruf erarbeitet. Zudem haben Tucos Tod sowie der sogenannte Geldautomaten-Mord, den Jesse nicht begangen hat, scheinbar positive Auswirkungen auf das Geschäft von Walter und Jesse. Somit gelingt es, dass ihre Unterhändler Badger, Skinny Pete und Combo bei ihren Drogenverkäufen kaum Probleme bei den Bezahlungen bekommen und das Absatzgebiet vergrößert werden kann.
Skyler nimmt währenddessen ihren ehemaligen Job in der Buchhaltung bei ihrem alten Arbeitgeber Beneke Fabricators an. Hank wird in ein DEA-Büro in El Paso befördert, fühlt sich dabei jedoch unwohl, nachdem er bei einem Observierungseinsatz in der mexikanischen Wüste nur knapp einem Sprengstoffanschlag entgeht.
Badger wird beim Dealen verhaftet, woraufhin Walter und Jesse den zwielichtigen Strafverteidiger Saul Goodman beauftragen, um nicht selbst bei der DEA aufzufliegen. Der ehemalige Häftling Jimmy In-’N-Out, der Badgers Beschreibung von Heisenberg entspricht, lässt sich schließlich für einen bestimmten Geldbetrag freiwillig an dessen Stelle verhaften. Walter und Jesse werden schließlich Saul Goodmans Klienten und nehmen dessen Ratschläge entgegen.
Weil Walter befürchtet, dass sich sein gesundheitlicher Zustand zusehends verschlechtert hat und er nur noch über wenige finanzielle Mittel verfügt, kocht er zusammen mit Jesse insgesamt über 40 Pfund Meth in der Wüste. Dabei gibt er Skyler vor, seine Mutter zu besuchen. Zuhause angekommen erfährt Walter von seinem Arzt, dass der Krebs rückläufig und sein Tumor um 80 % geschrumpft sei, was für Erleichterung bei der Familie sorgt. Walter willigt trotz der hohen Kosten von 200.000 Dollar einer Operation ein, bei der sein Tumor vollständig entfernt werden soll.
Combo wird währenddessen beim Dealen von einem kleinen Jungen auf offener Straße erschossen, woraufhin der Dealer Skinny Pete aussteigt. Saul arrangiert in einem Fast-Food-Restaurant ein Treffen mit dem „Los-Pollos“-Restaurant-Besitzer Gus Fring, einem umsichtigen, sich bedeckt haltenden Geschäftsmann, der an Walters Meth interessiert ist. Walter nimmt eine kurzfristige Gelegenheit wahr, um die komplette Ware auszuliefern, wobei er jedoch auch die Geburt seiner Tochter Holly verpasst. Walter Jr. hat währenddessen die Website erstellt, um medienwirksam Spenden für die Operation seines Vaters zu sammeln. Saul lässt Walters Geld mit der Hilfe eines ihm bekannten Computerhackers auf das Paypal-Konto seines Sohnes in Form von „reingewaschenen“ Spendengeldern fließen.
Jane wird von ihrem Vater, der seine Tochter zu Treffen der anonymen Drogenabhängigen begleitet, zusammen mit Jesse beim Konsumieren von Heroin erwischt. Sie wird von ihm gezwungen, sich direkt am nächsten Morgen in Drogentherapie zu begeben. Jane stirbt jedoch noch in derselben Nacht, nachdem sie an ihrem eigenen Erbrochenen erstickt und Walter ihr weinend dabei zusieht. Walter lässt sich operieren, während Jesse eine Drogentherapie antritt. Skyler hat mittlerweile unter anderem erfahren, dass Gretchen und Elliott Schwartz nichts zur Kostendeckung von Walters Therapie beigesteuert haben und Walter auch nicht bei seiner Mutter zu Besuch war. Donald Margolis, der Vater der verstorbenen Jane, verwechselt bei seiner Arbeit als Fluglotse in der Flugsicherungszentrale von Albuquerque ein Flugzeug, nennt es „Jane“ anstatt „Juliet“ und verschuldet somit die Kollision zweier Flugzeuge. Trümmerteile fallen vom Himmel, unter anderem landet ein pinkfarbener Teddybär in Walters Pool.
Staffel 3
Die Einwohner von Albuquerque sind immer noch wegen des Flugzeugabsturzes schockiert. Skyler möchte sich von Walter scheiden lassen, nachdem sie von seinen Drogengeschäften erfahren hat. Da beide sich einig sind, die wahren Hintergründe des Zerwürfnisses vor ihrem Sohn, aber auch vor Hank und Marie verbergen zu müssen, bleibt Skylers Verhalten für den Rest der Familie befremdend. Insbesondere Walter Junior, der zwischenzeitlich nur Flynn genannt werden möchte, gibt ihr die Schuld für die Trennung. Walter lehnt ein großzügiges Angebot von Gus ab und zieht sich zunächst aus dem Drogenmilieu zurück, damit er sich um seine Familie kümmern kann. Gegen Skylers Willen zieht er wieder zu Hause ein. Sie rächt sich, indem sie eine Affäre mit ihrem Chef Ted Benneke beginnt.
Jesse verlässt die Reha-Einrichtung, nachdem er seine Drogensucht zunächst besiegt hat. Mit Hilfe von Saul gelingt es ihm, seinen Eltern für einen Spottpreis sein ehemaliges Haus abzukaufen, das diese inzwischen renoviert und dann zum Verkauf gestellt hatten. Nachdem er sich mit Walter zerstritten hat, beschließt Jesse, auf eigene Faust Meth herzustellen, welches er mit Hilfe von Badger und Skinny Pete vertreiben will. Dabei setzt er wieder das Wohnmobil ein. Jesse bekommt weiterhin Schuldgefühle wegen des Todes von Jane.
Unterdessen haben sich zwei Cousins von Tuco über die mexikanische Grenze nach Texas schmuggeln lassen, wo sie eine Gruppe sie begleitender illegaler Einwanderer brutal ermorden. Die Cousins suchen ihren Onkel Hector auf, der ihnen mittels eines Ouija-Spielbrettes den Namen „Walter White“ mitteilt. In der Absicht, Walter zu ermorden, um Tucos Tod zu rächen, dringen sie in das Haus der Whites ein. Sie werden an ihrem Vorhaben aber in letzter Sekunde durch das Eingreifen von Gus gehindert, der Geschäftspartner des Kartells ist, für das die Mexikaner arbeiten. Gus signalisiert den Mexikanern, dass Walter vorläufig geschont werden müsse, weil er diesen weiterhin für die Herstellung von Meth benötige und er nicht akzeptieren könne, wenn seine Interessen im eigenen Einflussgebiet nicht gewahrt würden.
Von seinem Vorgesetzten wird Hank nahegelegt, seine Pflichten in El Paso wieder aufzunehmen. Er lehnt das aber mit dem Hinweis ab, im „Fall Heisenberg“ kurz vor einem Durchbruch zu stehen. Es gelingt ihm, eine kleine Menge blauen Meths zur Kassiererin einer Tankstelle zurückzuverfolgen, die die Drogen von Jesse als Bezahlung entgegengenommen hatte. Mithilfe des Überwachungsvideos eines an der Tankstelle installierten Geldautomaten kann Hank den Fahrzeugtyp von Jesses Wohnmobil identifizieren.
Walter wird von der Schule suspendiert, nachdem er im Unterricht wiederholt geistesabwesend war und, von seiner Vorgesetzten Carmen zur Rede gestellt, versucht hat, diese zu küssen. Da Walter nun arbeitslos ist, kommt er anschließend mit Gus ins Geschäft. In einem modernen Labor, das sich versteckt unter einer Industriewäscherei befindet, stellt Walter zusammen mit seinem neuen Assistenten, dem Chemiker Gale, größere Mengen Meth her. Die Vereinbarung ist zunächst auf drei Monate beschränkt und soll Walter drei Millionen Dollar einbringen. Er zieht aus dem Familienhaus wieder aus und hinterlässt Skyler die unterschriebenen Scheidungspapiere.
Hank überprüft die Zulassungen der in Frage kommenden Wohnmobile und gelangt so auf die Spur von Jesse. Er bittet zugleich um die Mithilfe von Walter, von dem er annimmt, dass ihn Jesse mit Marihuana versorgt hat. Aufgeschreckt kontaktiert Walter Saul, der ihm rät, das Wohnmobil verschwinden zu lassen. Ohne Jesse informieren zu können, fährt Walter das mobile Drogenlabor auf einen Schrottplatz, wo es zerlegt werden soll. Jesse vermutet, Walter wolle ihn hintergehen und folgt ihm wütend, nicht ahnend, dass er seinerseits von Hank beschattet wird und diesen so selbst zum Wohnmobil führt. Im Wohnmobil gefangen, belauschen Walter und Jesse ein Wortgefecht zwischen Hank und dem Schrotthändler, der dem Polizisten den Zutritt ohne Durchsuchungsbefehl verwehrt. Nur mithilfe einer von Walter ersonnenen Täuschung gelingt es ihm und Jesse, ihrer Falle zu entkommen: Hank erhält über Telefon die Nachricht, Marie sei in einen Autounfall verwickelt gewesen. Während er zum Krankenhaus eilt, um sich über ihren Zustand zu erkundigen, landet das Wohnmobil in der Schrottpresse.
Als Hank begreift, dass er getäuscht worden ist, fährt er zu Jesse und schlägt diesen krankenhausreif. Der Vorfall führt schließlich zu Hanks Suspendierung. Unterdessen demonstrieren Tucos Cousins Gus durch mehrmaliges Erscheinen in dessen Fast-Food-Restaurant, dass sie endlich sein Einverständnis zur Tötung Walters erhalten möchten. Um sie von diesem Vorhaben erneut abzulenken, gibt Gus den beiden die Erlaubnis, den für Tucos Tod direkt verantwortlichen DEA-Agenten zu töten: Es handelt sich dabei um Hank.
Im Krankenhaus kündigt Jesse seinen Besuchern Walter und Saul an, nach seiner Entlassung weiter Meth herzustellen. Auf den Einwand, er stünde jetzt stärker unter Beobachtung und werde früher oder später erwischt werden, antwortet Jesse, dass er im Falle einer Verhaftung die Identität von „Heisenberg“ preisgeben und so seine eigene Freiheit erkaufen könne. Walter wird durch diese Drohung beunruhigt und täuscht Gus vor, dass die Zusammenarbeit mit Gale nicht funktioniere, um Jesse als seinen neuen Assistenten durchzusetzen. Die Einigung sieht vor, dass Jesse die Hälfte von Walters Anteil bekommt.
Tucos Cousins lauern Hank auf dem Parkplatz eines Supermarktes auf. In letzter Minute durch einen anonymen Telefonanruf gewarnt, kann Hank die beiden Mexikaner jedoch überwinden. Er tötet einen und verletzt den anderen schwer, wird selbst aber von mehreren Kugeln getroffen. Die ganze Familie versammelt sich im Krankenhaus, um Marie beizustehen. Diese macht Hanks Vorgesetztem Vorwürfe, seinen Mitarbeiter im Stich gelassen zu haben. Die Ärzte befürchten, dass Hank an den Rollstuhl gefesselt bleiben wird. Als Marie sich um erfolgversprechende Therapien bemüht, erfährt sie, dass die Versicherung die Kosten nicht übernehmen wird. Daraufhin erklärt Skyler sich im Namen Walters bereit, die Rechnungen zu bezahlen. Um die Herkunft des Geldes zu plausibilisieren, behauptet sie, Walter habe es beim Black Jack gewonnen, nachdem er ein mathematisch sicheres Spielsystem entwickelt habe. Sein Doppelleben als Glücksspieler sei auch der Grund für ihre Trennung von ihm gewesen. Im Zwiegespräch teilt Skyler Walter ihren Verdacht mit, dieser sei für Hanks Zustand mitverantwortlich.
Gus lässt unterdessen im Krankenhaus den überlebenden Mexikaner beseitigen. Er wird von seinen Partnern in Mexiko bedroht, arrangiert aber auch deren Tötung. Walter erkennt nun, dass Gus die Fäden beim Angriff auf Hank gezogen hat, um einerseits Walter zu schützen, sich andererseits aber der Mexikaner entledigen zu können, auf deren Lieferungen er dank des leistungsstarken Drogenlabors in der Wäscherei nicht mehr angewiesen ist. Walter lässt Gus wissen, dass er dessen Ambitionen durchschaut hat, den Drogenmarkt im Südwesten der USA zu beherrschen. Die beiden vereinbaren, dass Walter ein ganzes Jahr für Gus arbeitet, dafür 15 Millionen Dollar bekommt und gleichzeitig für die Sicherheit von Walters Familie gesorgt wird.
Jesse gibt sich Walter gegenüber unzufrieden betreffs des Arrangements mit Gus, da dieser mit dem hochwertigen Meth Profit einstreichen könne, der ein Vielfaches ihres Anteils betrage. Jesse macht im Labor absichtlich falsche Angaben, um den Überschuss an Meth auf eigene Faust verkaufen zu können. Nach einiger Zeit fällt Walter die Täuschung auf. Saul schlägt Walter vor, zur Geldwäsche in eine nahe gelegene Laser-Tag Arena namens Lazer Base zu investieren, doch Skyler, die mehr und mehr zu Walters Komplizin wird, rät diesem, stattdessen die Autowaschanlage zu kaufen, in der er jahrelang gearbeitet hatte. Sie bietet sogar an, selbst in der Firma als Vertrauensperson einzusteigen und die Bücher zu „frisieren“. Als Walter einwendet, das Recht zur Aussageverweigerung sei bei geschiedenen Eheleuten nicht wirksam, teilt Skyler ihm mit, dass sie die Scheidungsunterlagen niemals eingereicht hat, sie also nach wie vor verheiratet sind.
Jesse setzt Badger und Skinny Pete ein, um in seiner Drogen-Selbsthilfegruppe das blaue Meth zu verkaufen. Bei einem Treffen der Gruppe lernt er Andrea kennen. Es stellt sich heraus, dass ihr jüngerer Bruder Tomas der Junge ist, der im Auftrag zweier Dealer Jesses Freund Combo getötet hatte. Jesse kündigt Walter an, die beiden für Gus arbeitenden Dealer ermorden zu wollen. Weil er Jesse vor der unvermeidlichen Rache von Gus schützen möchte, verrät Walter aber den Plan. Bei einem Treffen erzwingt Gus eine Versöhnungsgeste zwischen Jesse und den Dealern. Doch als Tomas kurz darauf ermordet wird, sucht Jesse eine tödliche Konfrontation mit den beiden Dealern. Bevor es zum Schusswechsel kommt, taucht unerwartet Walter auf und überfährt die Dealer brutal mit seinem Auto. Als einer der beiden sich noch rührt, erschießt Walter ihn.
Jesse flüchtet und versteckt sich in der Laser-Tag Arena. Währenddessen will Walter mit Gus eine Vereinbarung aushandeln, die seine und Jesses Sicherheit gewährleistet. Dies scheint zu gelingen, doch steht Walter nun unter ständiger Beobachtung und bekommt zudem wieder Gale als Assistenten im Labor zugewiesen. Walter erkennt, dass er, sobald sein Assistent genügend Kenntnisse über die Herstellung von Meth gesammelt haben wird, beseitigt und durch Gale ersetzt werden soll. Der untergetauchte Jesse rät Walter, sich der DEA zu stellen und als Kronzeuge gegen Gus zu fungieren, um für sich und seine Familie Zeugenschutz zu erhalten. Walter lehnt ab und schlägt stattdessen vor, mit Jesses Hilfe Gale eigenhändig zu ermorden. Dies würde Walter für Gus weiterhin unentbehrlich machen.
Bevor Walter seinen Plan in die Tat umsetzen kann, holen Mike und Victor ihn jedoch unter einem Vorwand in die Wäscherei. Um sein Leben zu retten, bietet Walter an, Jesse aus seinem Versteck zu locken und ihn Gus auszuliefern. Als Walter mit Jesse telefonieren darf, beauftragt dieser Jesse mit der sofortigen Tötung Gales, statt ihn herbeizulocken. Mit dem Hinweis auf seine damit erneuerte Unentbehrlichkeit erreicht Walter vorläufig sein Überleben. Jesse erscheint kurz darauf zu Hause bei Gale, richtet die Waffe auf ihn und feuert einen Schuss ab.
Staffel 4
Jesse tötet Gale in seiner Wohnung durch einen Kopfschuss. Unmittelbar nach der Tat greift Victor Jesse auf und bringt ihn ins Labor, wo Walter bereits festgehalten wird. Gus tötet daraufhin vor den Augen der beiden Victor, der am Tatort gesehen wurde. Jesse ist von den Ereignissen traumatisiert und versucht, sich durch Drogen und Partys in seinem Haus abzulenken. Aus Angst, die nächsten Opfer von Gus zu werden, erwägt Walter, diesem zuvorzukommen und ihn zu töten. Er bekommt dazu aber zunächst keine Gelegenheit. Als Hank, der aufgrund seiner Verletzung inaktiv ist und derzeit eine Physiotherapie macht, nähere Informationen vom Mord an Gale erhält, nimmt er seine Arbeit bei der DEA wieder auf und findet Spuren, die ihn bis zu Gus führen. Walter hilft Hank daraufhin bei seinen Ermittlungen, um den Verdacht zu zerstreuen, dass Gus der gesuchte Drogenboss ist. Walter und Skyler kaufen mit Hilfe von Saul die Autowaschanlage, um dort Geldwäsche betreiben zu können. Um ihrer Verwandtschaft den Kauf der Waschanlage zu erklären, geben sie vor, dass Walter der Spielsucht anheim gefallen sei, wobei er ein System für Black Jack entwickelt und damit viel Geld gewonnen habe. Mike setzt währenddessen vermehrt Jesse ein, um ihn wieder auf die Beine zu bringen. Dadurch kehrt Jesse wieder zu seinem geregelten Leben zurück, entfremdet sich aber auch zusehends von Walter. Walter bittet Jesse darum, Gus zu töten, da dieser nun öfter Kontakt zu ihm hat. Jesse bieten sich dafür jedoch keine passenden Möglichkeiten.
Als das mexikanischen Kartell Gus bedroht, soll Jesse in einem Labor in Mexiko des Kartells Meth herstellen und den Chemikern Walters Formel beibringen. Gus kann jedoch Don Eladio und einen Großteil des Kartells mit einem Schlag vergiften und zusammen mit Mike und Jesse fliehen. Die Zerschlagung des Kartells ist somit eine späte Vergeltung für die Ermordung seines Kompagnons Max in den 90er Jahren. Da Gus gesehen hat, dass Jesse in der Lage ist, eigenständig Meth zu kochen, deutet er an, dass Jesse eigentlich das Labor ohne Walter übernehmen könnte. Jesse möchte das jedoch nicht, weil dies automatisch Walters Tod bedeuten könnte. Währenddessen scheint Hank zu erkennen, dass das Hauptversorgungszentrum der Fastfoodkette Los Pollos als Drogenumschlagort fungiert. Er dringt bei seinen Ermittlungen bis zur Wäscherei vor, in der das Meth hergestellt wird, jedoch ohne Erfolg. Weil Walter es nicht geschafft hat, Hank von seinen Ermittlungen abzuhalten, wird er von Gus gefeuert. Gus droht ihm außerdem, seine Familie umzubringen, falls er sich in seine Geschäfte einmischen sollte. Walter plant unterzutauchen, jedoch verfügt nicht über das notwendige Bargeld für Saul. Schließlich bringt er seine Familie mit Hilfe der DEA bei Hank in Sicherheit.
Da Brock, der Sohn von Jesses Freundin, vergiftet wurde und das Rizin, mit dem Jesse Gus töten sollte, verschwunden ist, vermutet Jesse einen Giftanschlag durch Walter. Walter kann den Verdacht aber auf Gus lenken. So sind die beiden endgültig bereit, Gus umzubringen. Walter und Jesse versuchen Gus mit einer Autobombe zu töten, haben aber keinen Erfolg, weil Gus aus Vorsicht nicht in sein Auto steigt. Schließlich überredet Walter den gelähmten Hector Salamanca, sich mit einem Selbstmordanschlag für die Auslöschung der Salamanca-Familie durch Gus zu rächen. Nachdem Hector bei der DEA scheinbar eine Aussage gemacht hat, wird er wie geplant von Gus und Tyrus im Pflegeheim besucht. Daraufhin löst Hector eine Bombe aus, die am Rollstuhl befestigt ist, wodurch er zusammen mit Gus und Tyrus stirbt. Nach dem gelungenen Anschlag vernichten Walter und Jesse das Labor in der Wäscherei. Auf dem Dach des Krankenhauses erzählt Jesse, dass Brock auf dem Weg der Besserung ist und nicht mit Rizin, sondern durch Maiglöckchen vergiftet war. Jesse vermutet, dass der Junge sie aus Unwissenheit gegessen hat. Das letzte Bild der vierten Staffel zeigt einen Topf Maiglöckchen, der auf der Terrasse vom Haus der Familie White steht.
